Le siège administratif est situé au 3, rue Sainte Elisabeth à Strasbourg. Il regroupe les bureaux du président et du secrétaire général du conseil de surveillance ainsi que de leur secrétariat.
Un bureau restreint formé de la présidente du comité de Dames, du président, vice-président, du secrétaire général du conseil de surveillance, du pasteur, du président d’Emmaüs-Diaconesses, du président de l’EDIAC formations, de la présidente des centres de santé, du président ou du vice-président du CPES, de M. le Pr Stierlé et de Mtre Jung veille à la gestion courante de l’Etablissement et se réunit régulièrement.