Le siège administratif est situé au 3, rue Sainte Elisabeth à Strasbourg. Il regroupe les bureaux du président et du secrétaire général, du conseil de surveillance ainsi que de leur secrétariat.
Un Bureau Exécutif composé du Président et Vice-Président du conseil de surveillance, de la Présidente et Vice-Présidente du Comité de Dames, de la Sœur Prieure, de l’Aumônier, du Secrétaire général, du Président ou de la Présidente ainsi que du directeur ou de la directrice de chaque pôle d’activité géré en propre se réunit tous les mois. Sur délégation permanente du Comité de Dames et du Conseil de Surveillance et sous leur contrôle, il supervise l’administration courante des divers pôles d’activité de l’Établissement des Diaconesses.